연말정산 절세 기본정리 10편 — 중도입사·중도퇴사 연말정산 A~Z (2025 최신)

📌 중도입사·중도퇴사자의 연말정산은 왜 더 복잡할까?

연말정산이라고 하면 대부분 1년 동안의 근로소득을 기준으로 세금을 환급하거나 추가 납부하는 절차로 이해하지만, 중도에 입사하거나 퇴사한 직장인은 계산 방식이 완전히 다르다. 특히 중도퇴사자의 경우 회사에서 연말정산을 진행하지 않는 경우가 많아 본인이 직접 홈택스에서 종합소득세 신고를 해야 한다. 이 글에서는 중도입사와 중도퇴사 상황별로 연말정산 처리 방식, 환급 가능성, 제출서류, 주의사항까지 모두 정리한다.

📌 중도입사자의 연말정산 — 근무한 기간만큼 세금을 계산한다

중도입사자의 연말정산은 일반 직장인과 동일하게 회사가 진행하지만, 근무 기간이 다르기 때문에 일부 항목의 계산 기준이 달라진다. 연간 총 급여가 아니라 해당 회사에서 근무한 기간 동안의 급여만을 기준으로 세액을 계산한다.

✔ 1) 이전 회사가 있었다면 합산 신고가 필요하다

중도에 이직한 근로자는 이전 회사의 근로소득 원천징수영수증을 새 회사에 제출해야 한다. 두 회사의 급여를 합산해 연말정산을 해야 정확한 세금 계산이 가능하다. 제출하지 않으면 연말정산이 누락되어 다음 해 종합소득세 신고를 해야 하고, 추가 세금을 납부해야 할 가능성도 있다.

✔ 2) 신용카드 공제·보장성 보험·의료비 등은 ‘1년 전체 사용분’ 적용

중도입사라도 신용카드 사용금액, 의료비, 교육비 등의 공제는 근무기간이 아닌 연도 전체 기준이다. 즉, 1월~12월까지 사용한 금액 전체가 공제 대상이 된다.

✔ 3) 주택청약·연금저축·IRP 불입액도 전체 납입액 기준

중도입사라도 금융상품 공제는 연간 전체 금액으로 계산된다. 단, 회사에 서류 제출을 하지 않으면 공제가 누락된다.

📌 중도퇴사자 연말정산 — 회사가 해주지 않는 경우가 많다

중도퇴사는 중도입사보다 훨씬 헷갈린다. 대부분의 회사는 중도퇴사자에게 연말정산을 진행하지 않으며, 본인이 다음 해 5월에 직접 홈택스에서 종합소득세 신고를 해야 한다. 퇴사자는 회사에서 제출하는 연말정산 시스템을 이용할 수 없기 때문이다.

✔ 1) 중도퇴사 시 회사가 해주는 것

• 퇴사 시점까지의 급여에 대한 원천징수영수증 발급
• 4대 보험 상실신고
• 비과세 항목 정산

하지만 의료비·교육비·월세·기부금·연금저축 등은 퇴사 시 적용되지 않는다. 이 부분은 5월 종합소득세 신고에서 본인이 직접 공제 신청해야 한다.

✔ 2) 중도퇴사자는 반드시 ‘종합소득세 신고’를 해야 할까?

원칙적으로 중도퇴사자는 종합소득세 신고가 필요하다. 회사가 연말정산을 해주지 않기 때문에 환급을 받으려면 홈택스에서 본인이 직접 신고해야 한다. 종합소득세 신고를 하지 않으면 의료비·월세·교육비 공제 등이 모두 누락되며, 공제를 받을 기회를 잃게 된다.

✔ 3) 중도퇴사자가 종합소득세 신고하면 환급받을 가능성이 높다

중도퇴사자의 급여는 연간 전체 급여에 비해 적기 때문에 원천징수 단계에서 세금을 더 많이 낸 경우가 많다. 이 때문에 종합소득세 신고 시 환급이 나올 가능성이 매우 높다. 특히 월세·보험료·의료비·연금저축을 납부했다면 환급액은 더 커질 수 있다.

📌 중도입사·중도퇴사자가 준비해야 할 서류 목록

• 이전 회사 원천징수영수증
• 근로계약서(필요시)
• 월세 계약서 및 납부내역
• 보험료 납입증명서
• 의료비·교육비 증명서
• 기부금 영수증
• 연금저축·IRP 납입증명서

📌 자주 하는 실수 — 반드시 체크해야 할 포인트

❌ 1) 이전 회사 원천징수영수증 미제출

중도입사자가 이전 회사 서류를 제출하지 않으면 연말정산이 불완전하게 처리된다. 이 경우 다음 해 종합소득세 신고에서 추가 납부 가능성이 높다.

❌ 2) 퇴사 후 연말정산을 회사가 해줄 줄 알고 기다림

많은 사람들이 하는 실수다. 회사는 중도퇴사자 연말정산을 하지 않는다. 본인이 직접 홈택스에서 신고해야 한다.

❌ 3) 월세, 연금저축, 기부금 등 공제 누락

중도퇴사자는 빠지기 쉬운 항목이 많다. 회사가 처리하지 않는 항목은 5월 종합소득세 신고로 반드시 챙겨야 한다.

❌ 4) 경력 단절 기간 공제 가능 여부 오해

중도퇴사가 곧바로 경력단절여성 감면이나 청년감면과 연결되는 것은 아니다. 조건을 충족해야만 감면 혜택을 받을 수 있다.

📌 정리 — 중도입사·중도퇴사는 연말정산 구조를 반드시 이해해야 한다

중도입사자는 회사가 연말정산을 해주지만, 이전 회사의 급여를 반드시 합산해야 정확한 세금 계산이 가능하다. 반면 중도퇴사자는 회사가 연말정산을 해주지 않기 때문에 5월 종합소득세 신고를 통해 환급을 스스로 챙겨야 한다. 중도퇴사자의 대부분은 환급 가능성이 높기 때문에 홈택스 신고를 반드시 하는 것을 추천한다. 이번 편의 내용을 기반으로 본인의 상황을 체크해 보면 연말정산 실수를 크게 줄일 수 있다.